Dopo essersi occupato per anni della croce e avere sviluppato una sensibilità sempre più acuta verso quel dolore fino al punto da non saper trattenere le lacrime e piangere con singhiozzo convulso, in quel settembre si stava realizzando un avvenimento che mai si era verificato nella carne di un uomo: l’impressione delle Stimmate di Cristo crocifisso, “l’ultimo sigillo”, le definì Dante.
Dell’apparizione del Serafino ci offre un’ampia descrizione il Celano: “Allorché dimorava nel romitorio che dal nome del luogo è chiamato Verna, due anni prima della sua morte, ebbe da Dio una visione. Gli apparve un uomo, in forma di Serafino, con le ali, librato sopra di lui, con le mani distese ed i piedi uniti, confitto ad una croce. Due ali si prolungavano sopra il capo, due si dispiegavano per volare e due coprivano tutto il corpo. A quell’apparizione il beato servo dell’Altissimo si sentì ripieno di una ammirazione infinita, ma non riusciva a capirne il significato. Era invaso anche da una viva gioia e sovrabbondante allegrezza per lo sguardo bellissimo e dolce col quale il Serafino lo guardava, di una bellezza inimmaginabile; ma era contemporaneamente atterrito nel vederlo confitto in croce nell’acerbo dolore della passione. Si alzò, per così dire, triste e lieto, poiché gaudio e amarezza si alternavano nel suo spirito. Cercava con ardore di scoprire il senso della visione, e per questo il suo spirito era tutto agitato. Mentre era in questo stato di preoccupazione e di totale incertezza, ecco: nelle sue mani e nei piedi cominciarono a comparire gli stessi segni dei chiodi che aveva appena visto in quel misterioso uomo crocifisso. Le sue mani e i piedi apparvero trafitti nel centro da chiodi, le cui teste erano visibili nel palmo delle mani e sul dorso dei piedi, mentre le punte sporgevano dalla parte opposta. Quei segni poi erano rotondi dalla parte interna delle mani, e allungati nell’esterna, e formavano quasi una escrescenza carnosa, come fosse punta di chiodi ripiegata e ribattuta. Così pure nei piedi erano impressi i segni dei chiodi sporgenti sul resto della carne. Anche il lato destro era trafitto come da un colpo di lancia, con ampia cicatrice, e spesso sanguinava, bagnando di quel sacro sangue la tonaca e le mutande”.
Il celebre monaco Thomas Merton, così commenta: “L’aver Francesco ricevuto le Stimmate fu un segno divino che fra tutti i santi egli era il più somigliante a Cristo. Meglio di ogni altro era riuscito nell’opera di riprodurre nella sua vita la semplicità, la povertà e l’amore di Dio e degli uomini che caratterizzano la vita di Gesù. Conoscere semplicemente san Francesco vuol dire comprendere il Vangelo e seguirlo nel suo spirito sincero e integrale, è vivere il Vangelo in tutta la sua pienezza. San Francesco fu, come tutti i Santi devono cercare di essere, semplicemente un altro Cristo. Il Cristo risorto rivisse in modo perfetto in quel Santo, completamente posseduto e trasformato dallo Spirito della carità divina”.